Lệ phí ra, vào cảng nội địa từ 5.000 – 50.000 đồng/chuyến (có hiệu lực kể từ ngày 16/05/2016)

Trong đó, mức lệ phí cao nhất 50.000 đồng/chuyến được áp dụng với phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần trên 1.500 tấn; mức lệ phí 5.000 đồng/chuyến; 10.000 đồng/chuyến; 20.000 đồng/chuyến; 30.000 đồng/chuyến và 40.000 đồng/chuyến lần lượt được áp dụng đối với phương tiện chở hàng có trọng tải toàn phần từ 10 tấn đến 50 tấn; phương tiện chở hàng có trọng tải toàn phần trên 50 tấn đến 200 tấn hoặc chở khách có sức chở từ 13 ghế đến 50 ghế; phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần trên 200 tấn đến 500 tấn hoặc chở khách có sức chở từ 51 ghế đến 100 ghế; phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần trên 500 tấn đến 1.000 tấn hoặc chở khách từ 101 ghế trở lên và phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần trên 1.000 tấn đến 1.500 tấn.

Đối với phí trọng tải, mức thu đối với mỗi lượt ra, lượt vào (kể cả có tải, không tải) là 165 đồng/tấn trọng tải toàn phần. Trường hợp phương tiện ra, vào cảng không nhằm mục đích bốc dỡ hàng hóa, không nhận trả khách, mức thu phí trọng tải bằng 70% mức thu phí nêu trên.

Riêng đối với phương tiện thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an sử dụng vào mục đích quốc phòng, an ninh; phương tiện của cơ quan hải quan đang làm nhiệm vụ; phương tiện của các cơ quan thanh tra giao thông, Cảng vụ đường thủy nội địa; phương tiện tránh bão, cấp cứu; phương tiện vận chuyển hàng hóa có trọng tải toàn phần dưới 10 tấn hoặc chở khách dưới 13 ghế và phương tiện vận chuyển phòng, chống lụt bão không phải chịu các mức phí, lệ phí nêu trên.